Los análisis genéticos más modernos de los perros y lobos sugieren que el mejor amigo del hombre fue domesticado antes que surgiera, incluso, la agricultura, aunque el origen de esta domesticación sigue siendo obstinadamente misterioso. El análisis de los genomas de los lobos de tres posibles sitios de domesticación (Oriente Medio, Asia y Europa del Este), encontró que los perros modernos no estaban más estrechamente vinculados a ninguno de los tres, de hecho, parece que los antepasados lobos, más cercanos de los perros de hoy en día, pueden haberse extinguido sin dejar descendientes salvajes.
El origen del perro doméstico es un misterio persistente. La evidencia fósil de la domesticación se remonta tan lejos como 33.000 años, con base en la forma del cráneo y en el análisis de ADN antiguo. Pero la presencia de un canido, parecido a un perro, no prueba el origen de los perros modernos, incluso si el fósil fue realmente un perro domesticado, pudo haber sido un linaje fallido, que no dejó descendencia.
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